Geološko - arheološka zbirka
Geološka zbirka sadrži fosilno blago davnog podmorja i kopna samoborskoga kraja, uključujući izvrsno sačuvane fosile Panonskoga mora – morske puževe, školjke, koralje, ježince itd.
Arheološka zbirka predstavlja kronološki pregled kultura čovjeka, od prapovijesti (kamenog i metalnog doba) preko antike do srednjeg vijeka.
Kameno doba predstavljeno je paleolitičkim kamenim strugalom s Podstražnika te neolitičkim glačanim sjekirama s Hamora i Gornjeg kraja. Što se metalnog doba tiče, slučajni nalazi koplja, ukrasne igle i šuplje sjekire s Velikog Lovnika, Plešivice i Bregane upućuju na prisutnost brončanodobnih zajednica na našem području, dok je željezno doba izuzetno dobro dokumentirano zahvaljujući brojnim keramičkim i metalnim nalazima s nekropole Budinjak. Slijed prapovijesnih kultura završava izloženim keltskim novcem tzv. Samoborcima.
Antičke nalaze čine predmeti rimske provenijencije budući da se prostor sjeverne Hrvatske, pa time i Samobora i njegove okolice, u razdoblju od 1. do 5. st. n. Kr. nalazio u sklopu Rimskoga Carstva. To je razdoblje predstavljeno nalazima grobnih priloga iz nekropola Gornja Vas i Bratelji te novcem i svakodnevnim uporabnim predmetima.
Srednji vijek predstavljen je srebrnim novcem, keramičkim i metalnim nalazima s lokaliteta Farkaševac te dijelovima arhitekture samoborskog Starog grada.